Sekolah Menengah Pertama Islam Terpadu (SMPIT) Warungpring memiliki program unggulan yang diperuntukan bagi peserta didik. Program unggulan itu meliputi:
- Tahfidzul Qur’an
- Tahsinul Qur’an
- Qiro’atul Kutub (Kitab Kuning)
- Insya (Mengarang dalam Bahasa Arab)
- Imla (Menulis Bahasa Arab)
- Muhadatsah (Percakapan Bahasa Arab)
- Conversation (Percakapan Bahasa Inggris)