SMP Islam Terpadu Warungpring menggunakan Kurikulum Nasional 2013 Kementerian Pendidikan Kebudayaan yang dipadukan dengan Kurikulum Muatan Lokal/ Takhassus Kepesantrenan Khas Al-Hikmah Mereng.
Siswa SMP Islam Terpadu Warungpring bisa mengikuti tiga program kelas yang disediakan, meliputi:
1. Program Kelas Takhassus
Program Kelas Takhassus diperuntukan bagi peserta didik yang memenuhi kualifikasi dalam penerimaan peserta didik baru. Sistem pembelajarannya meliputi
- Intrakurikuler
- Ekstrakurikuler
- Pengembangan Bahasa Asing
- Jam Wajib Tahfidz
- Musyafahah Al-Quran
- Intensif Nahwu Shorof
2. Program Kelas Preeminent
Program Kelas Takhassus diperuntukan bagi peserta didik yang memenuhi kualifikasi dalam penerimaan peserta didik yang memenuhi kualifikasi dalam penerimaan peserta didik dengan membawa bukti piagam kejuaraan atau raport kelas 4 hingga kelas 6. Adapun sistem pembelajarannya meliputi
- Intrakurikuler
- Ekstrakurikuler
- Pengembangan Bahasa Asing
- Matematika dan Sains
- Pengembangan Minat dan bakat
- Pengembangan Ketrampilan
3. Program Kelas Reguler
Sistem pembelajaran program reguler meliputi
- Intrakurikuler
- ekstrakurikuler
- Pengembangan Bahasa Asing
- Pengembangan Minat dan Bakat
